L’Université de Lomé est dirigée par un Président, assisté de deux Vice-présidents. Le Président est nommé par décret pris en conseil des ministres.Â
Accueillant chaque année près de 44.000 étudiants, l'Université de Lomé est composée de 2 centres de formation professionnelle, 5 Écoles, 6 Facultés et 4 Instituts.
L’Université de Lomé, conjointement avec les organismes de recherche, encourage la participation de ses équipes de recherche aux dispositifs de type Laboratoires installés en son sein.
L'administration de l'Université de Lomé est structurée en 11 pôles et directions.
Elle s'est organisée pour servir les cœurs de missions de l'université : la formation, la recherche et la vie de campus.